Wanneer het niet mogelijk is effecten op beschermde soorten te vermijden, dan dient een ontheffing Flora en faunawet of verklaring van geen bedenkingen (WABO) te worden aangevraagd.

In het geval van effecten op een beschermd natuurgebied of gebied gelegen in het Natuurnetwerk Nederland dient vergunning te worden aangevraagd bij de (provinciale) overheid.

Daarbij is het beschrijven en uitvoeren van mitigerende en/of compenserende maatregelen in beide gevallen vereist.